شناسایی نشانگرهای SSR در داده های ترانسکریپتوم گلهای باز بادام تحت تنش یخ زدگی

حسین پور, بتول; بختیاری زاده, محمدرضا; یوسف زاده, حامد; بینا, حمید

doi:10.30479/ijgpb.2022.17816.1329

شناسایی نشانگرهای SSR در داده های ترانسکریپتوم گلهای باز بادام تحت تنش یخ زدگی

نوع مقاله : Research Paper

نویسندگان

¹ گروه کشاورزی، سازمان پژوهش های علمی و صنعتی ایران (IROST)، پژوهشکده کشاورزی، تهران، ایران.

² گروه علوم دامی و طیور، پردیس ابوریحان، دانشگاه تهران، تهران، ایران.

³ گروه محیط زیست، دانشکده منابع طبیعی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران.

10.30479/ijgpb.2022.17816.1329

چکیده

سرمازدگی بهاره از عوامل محدود کننده تولید میوه در درختان میوه سنگی به خصوص بادام است بنابراین غربالگری و اصلاح درختان میوه متحمل به سرمازدگی بهاره امری ضروری است. در بین نشانگرهای ملکولی، نشانگر های SSR که از EST ها مشتق شده اند در برنامه های اصلاحی مطلوب تر هستند. در تحقیق قبلی، گل های باز یک ژنوتیپ متحمل به سرمازدگی بهاره تحت تنش سرما آزمایش شدند و ترانسکریپتوم گلهای باز تحت شرایط سرما و کنترل با استفاده از تکنولوژی توالی یابی آنالیز گردید. تعداد 63218 توالی تولید شده با استفاده از نرم افزار SSR-Locator آنالیز گردید. در نتیجه، 2680 SSR و 2601 توالی حاوی SSR شناسایی شد. در یازده توالی، بیش از یک EST-SSR وجود داشت. در بین EST-SSRs ، پنج موتیف تکرارشونده متفاوت شناسایی شدند که بیشترین فراوانی ها به ترتیب مربوط به دی-، تری، پنتا- ، هگزا و تترا نوکلئوتیدها بودند. بررسی ما نشان داد که بیشترین موتیف های دی نوکلئوتیدی از نوع TA/TA و GA/TC بودند و موتیف های GAA و ACC و ACC بیشترین موتیف ها یتری نوکلئوتیدی بودند. آنالیز آنتولوژی ژنها نشان داد که بیشتر SSR های حاوی موتیف های تری نوکلئوتیدی در تنظیم رونویسی، تنظیم فرایندهای بیوسنتز سلولی، تنظیم بیان ژن، تنظیم فرایند سلولی و پاسخ به تنش و محرک ها نقش دارند. مطالعه حاضر اولین گزارش در مورد شناسایی SSR ها در گل های باز بادام می باشد.

کلیدواژه‌ها